Naatriumhüpokloriti desinfitseerimise põhimõte hõlmab peamiselt kolme aspekti:
Hüpokloorhape tekib hüdrolüüsi teel ja hüpokloorhape laguneb edasi, moodustades uue ökoloogilise hapniku. Uue ökoloogilise hapniku tugev oksüdeeriv omadus denatureerib selliseid aineid nagu valgud bakteritel ja viirustel, tappes seeläbi patogeensed mikroorganismid.
Hüpoklorohape võib tungida bakteritesse (viirustesse) ja reageerida orgaaniliste polümeeridega, nagu bakteriaalsed (viiruslikud) valgud, nukleiinhapped ja ensüümid, tappes seeläbi patogeensed mikroorganismid.
Hüpokloorhappe poolt toodetud kloriidioonid võivad oluliselt muuta bakterite ja viiruste osmootset rõhku, mistõttu nende rakud kaotavad aktiivsuse ja surevad.