Oluline on oma basseini FilterBalls regulaarselt puhastada, et vältida nende ummistumist ja ebatõhusust. Olenevalt teie basseini suurusest ja selle kasutamisest, peate võib-olla puhastama oma FilterBalls nii sageli kui kord nädalas või nii vähe kui kord kuus. FilterBallide puhastamiseks eemaldage need lihtsalt filtrist ja loputage voolikuga maha.
Põhjalikumaks puhastamiseks võite neid leotada ka seebivees ämbris. Enne pallide filtrisse tagasi panemist loputage seep kindlasti täielikult läbi.