Basseini puhtuse säilitamine on haiguste leviku tõkestamiseks, õnnetuste ärahoidmiseks ja nakkuste ennetamiseks ülioluline. Basseini põhjalikku puhastust on soovitatav teha vähemalt kord nädalas, eriti sagedase kasutuse hooaegadel. Regulaarne puhastamine hõlmab mitte ainult filtrikuulikeste pesemist, vaid ka vee kvaliteedi kontrollimist, basseini seinte ja põranda ning muude seadmete, näiteks pumpade ja filtreerimissüsteemide puhastamist.