Lisaks kahjulikele ainetele on kanalisatsioonis lugematu arv baktereid ja viirusi. Seetõttu kasutatakse klooriga desinfitseerimist laialdaselt vees leiduvate bakterite ja viiruste hävitamiseks kraanivee ja reoveepuhastite heitvee etapis.
Tööstusliku tsirkuleeriva jahutusvee töötlemisel kasutatakse kloori ka vetikate steriliseerimiseks ja eemaldamiseks. Jahutusvee tsirkulatsiooni käigus koonduvad osa vee aurustumise tõttu vees olevad toitained ning bakterid ja muud mikroorganismid paljunevad suurtes kogustes ning moodustavad kergesti lima mustust. Liiga palju limamust põhjustab torude ummistumist ja korrosiooni.
Kloorimine hõlmab tavaliselt kloori süstimist vette, et tappa bakterid ja muud mikroorganismid, tavaliselt pudelis klooris.
Bakteritsiidse toime säilitamiseks tuleb kloori jääk hoida ärajuhitavas vees alati {{0}},5 ~ 1mg/L ja veevarustusvõrgu lõpus 0 0,05 ~ 0,1 mg/l.